Die Einrichtung wurde 1965 unter dem Namen Galerie Junge Kunst gegründet und zu Beginn der neunziger Jahre in Museum Junge Kunst umbenannt.
Zur Zeit befinden sich über 11.000 Werke der Malerei, Handzeichnungen und Aquarelle, Druckgrafik, Objekte, Installationen und Skulpturen sowie polnische Grafik im Besitz des Museums. Es handelt sich bei diesem Bestand um die qualitätsvollste und differenzierteste Sammlung von Kunst aus dem Osten Deutschlands, d. h. aus der Sowjetischen Besatzungszone (1945 - 1949), der Deutschen Demokratischen Republik (1949 - 1990) und der Bundesrepublik Deutschland – Neue Bundesländer.

So sind in der Sammlung neben expressiven und sachlichen Formenfindungen, neoveristische, postimpressio-nistische, aber auch surrealistische und informelle Arbeiten ebenso wie Reflexionen über die Pop-Art sowie Strategien der Postmoderne zu finden.
Ein repräsentativer Überblick über fünfzig Jahre Kunstentwicklung wird so immer wieder unter neuen Blickwinkeln möglich.

Einige Künstlernamen machen das deutlich.
So beherbergt die Sammlung u. a. Gemälde von Hartwig Ebersbach, Walter Libuda, Willy Wolff, Bernhard Heisig, Werner Tübke, Eberhard Göschel; Druckgrafiken u. a. von Moritz Götze, Carlfriedrich Claus, Gerhard Altenbourg, Michael Morgner; Objekte z. B. von Robert Rehfeldt, Hermann Glöckner, Georg Herold, Via Lewandowsky, Rainer Görß sowie Plastiken/Skulpturen von Fritz Cremer, Gustav Seitz, Rolf Biebl, Jürgen Schön, Wieland Förster, Werner Stötzer, und Sabine Grzimek, um nur einige Namen zu nennen.
Als besondere Sammlungskonzeption ist der Erwerb von Arbeiten der Künstler zu nennen, die die DDR verließen oder verlassen mussten; so. z. B. A.R. Penck, Lutz Dammbeck, Hendrik Grimmling, Roger Loewig und Gil Schlesinger.